Voorheen stond op dezelfde plaats een grote kathedraal. De kathedraal is helaas afgebrand in 1832. In juli 1835, tweeëneenhalf jaar na de brand, begonnen de werkzaamheden voor een nieuwe kerk. Omdat de architect, die het werk had aangenomen, failliet ging, lag de bouw lange tijd stil. Deze kerk, genaamd Nieuwe Kerk, is in 1848 in gebruik genomen. 

De Hervormde gemeente, eigenares van de kerk, kon vanwege de zware financiële lasten de Nieuwe Kerk niet langer onderhouden. In 1971 werd het gebouw gesloten. De Nieuwe Kerk ging zienderogen achteruit nadat ramen waren ingegooid en wind en regen vrij spel kregen. Een oplossing kwam in 1977.
Het gebouw ging over naar de Stichting Oude Zeeuwse Kerken. Deze liet het gebouw, met financiële steun, in fasen restaureren in de jaren 1978-1988. Als een fraai voorbeeld van 19e eeuwse kerkelijke architectuur vormt de Nieuwe Kerk een bijzonder object in een monumentenstad zoals Zierikzee. Op 16 april 1988 werd het gebouw feestelijk in gebruik genomen.

Door allerlei omstandigheden was een nieuwe restauratie van het exterieur en het interieur noodzakelijk. Deze werd aangegrepen om een andere inrichting van het gebouw te verwezenlijken met behoud van vele oorspronkelijke elementen. Het op deze wijze vernieuwde en gerestaureerde kerkgebouw werd op 9 april 2014 opnieuw in gebruik genomen.

De nieuwe kerk  was met name geteisterd met zwam in de kap. Deze woekerde al decennia door de houten constructie en heeft dus  meermaals restauraties overleeft. Door op ingenieuze wijze de bouwfysische eigenschappen van het gebouw plaatselijk aan te passen naast traditionele houtrot herstel, is de zwam nu voorgoed uit het gebouw geweerd.